• Adam Niezgódka – główny bohater książki. Gdy rozpoczyna się jego przygoda ma on 12 lat. Sądził że miał gliniane ręce, upuszczał wszystko, spóźniał się na lekcje. Pewnego dnia szpak Mateusz przyleciał do niego i przekazał mu zaproszenie do Ambrożego Kleksa który zaprasza go do bajki Akademia Pana Kleksa.
• Inni uczniowie pana Kleksa – przyjaciele Adama (było ich 23). Ich imiona zaczynały się na literę A. Wraz z Adamem akademia liczyła 24 uczniów.
• 'Pan Kleksl l l l ' na imię ma Ambroży i jest bohaterem także innych książek Jana Brzechwy. Potrafi unosić się w powietrzu, przyrządzać potrawy z kolorowych szkiełek, powiększać i zmniejszać przedmioty, trzymać płomyki świec w swoich kieszeniach bez dna. Ma na twarzy kolorowe piegi i twierdzi że piegi są piękne i modne. Ubiera się w cytrynowo-żółtą kamizelkę ("Zrobioną chyba z samych kieszeni"). Uczy przedmiotów takich jak kle-ksografia czy przędzenie liter. Ma szpaka Mateusza. Na końcu bajki Golarz Filip niszczy mu sekrety. Wówczas okazuje się że Pan Kleks jest zamienionym przez doktora Paj-Chi-Wo w człowieka guzikiem od czapki Bogdychanów, dzięki któremu szpak Mateusz zmienia się w autora opowieści o Panu Kleksie.
• Mateusz – tak naprawdę wcale nie jest szpakiem. Wymawia tylko końcówki wyrazów, np. gdy odbiera telefon, mówi: "Oszę u emia ana Eksa", to znaczy: "Proszę tu Akademia pana Kleksa". Kiedyś był chłopcem-księciem, który zastrzelił króla wilków, przez co kraj padł ofiarą okrutnej zemsty. Na jego nodze była rana. Wyleczył ją tajemniczy doktor Paj-Chi-Wo. Za pomocą podarowanej przez niego cudownej czapki Bogdychanów, zamienił się w ptaka i uciekł z pałacu opanowanego przez wilki. Na końcu bajki Mateusz zmienia się w autora opowieści, można go więc utożsamić z samym Janem Brzechwą.

• Doktor Paj-Chi-Wo – lekarz, który wyleczył Mateusza. Gdy guzik zginął z czapki, doktor zrobił z niego pana Kleksa. Pojawił się w rozdziale "Niezwykła opowieść Mateusza".
• Bogumił Kopeć – dyrektor fabryki dziur i dziurek. Pojawił się w rozdziale "Fabryka dziur i dziurek". Oprowadzał Ambrożego (jego przyjaciela) i uczniów po fabryce.
• Filip Golarz – fryzjer pana Kleksa
• rozdziale "Anatol i Alojzy" przyprowadza dwóch synów: Anatola i Alojzego. Pojawia się w"Fabryce dziur i dziurek", "Anatolu i Alojzym" i "Sekretach pana Kleksa".
• Anatol – syn Filipa Golarza. Był prawdziwym chłopcem. Na nazwisko ma Kukuryk. Ma brata Alojzego. Pojawia się w "Anatol i Alojzy" oraz "Sekrety pana Kleksa".
• Alojzy – Młodszy brat Anatola. Tak naprawdę jest zwykłą lalką skonstruowaną przez Filipa. Zaczął niszczyć wszystko, bo myślał, że to dobra rzecz. Zniszczył sekrety pana Kleksa. Pojawia się w rozdziałach "Anatol i Alojzy", "Historia o księżycowych ludziach" i "Sekrety pana Kleksa".
•  
• , nienawidzi jego i uczniów, nie lubi obcinać ich włosów. W

Reks- pies Adasia,który wpadł pod koła tramwaju i trafił do psiego raju. Pojawia się w rozdziale Moja wielka przygoda